防堵塞与防腐问题是污水源热泵空调系统设计、安装和运行中的重要的关键问题。其问题解决的好与坏，是污水源热泵空调系统成功与否的关键，通常采用的技术措施归纳为：
（1）由于二级出水和中水水质较好，在可能的条件下，宜选用二级出水或中水做污水源热泵的热源和热汇。
（2）在设计中，宜选用便于清污物的淋激式蒸发器和浸没式蒸发器，污水/水换热器宜采用浸没式换热器。经验表明：淋激式蒸发器的布水器的出口容易被污水中较大的颗粒堵塞，故设计中对布水器要做精心设计。
（3）在原生污水源热泵系统中要采取防堵塞的技术措施，通常采用：
1）在污水进入换热器之前，系统中应设有能自动工作的筛滤器，去除污水中的浮游性物质。目前常用的筛滤器有自动筛滤器、转动滚筒式筛滤器等。
2）在系统中的换热器中设置自动清洗装置，去除因溶解于污水中的各种污染物而沉积在管道内壁的污垢。目前常用胶球型自动清洗装置、刚刷型自动清洗装置等。
3）设有加热清洁系统，用外部热源制备热水来加热换热管，去除换热管内壁污物，其效果十分有效。
（4）在污水源热泵空调系统中，易造成腐蚀的设备主要是换热设备。原生污水源热泵，宜选用钛质换热器和铝塑传热管。
（5）加强日常功能运行的维护保养工作是不可忽略的防堵塞、防腐蚀的措施。